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citesperu 0.1.0

• Alineación con el ecosistema perufauna (Tidyverse Style):
  • Se añadieron alias canónicos con prefijo de dominio cites_*:
    • cites_classify_spnames(): clasificador taxonómico CITES formalmente exportado.
    • cites_classify_names(): clasificador taxonómico principal.
  • Resolución de colisiones de namespace: Se retiró la exportación de classify_spnames() (manteniéndose accesible vía cites_classify_spnames() y cites_classify_names()) para eliminar la colisión con perufaunads004 al cargar el metapaquete perufauna.
  • Se mantiene la retrocompatibilidad en cites_match(), cites_matching(), match_cites_pe(), is_cites() e is_cites_pe().
• Base documental y gobernanza CITES:
  • Se incorporó el marco institucional oficial del Perú: el Ministerio del Ambiente (MINAM) como Autoridad Científica CITES, el Servicio Nacional Forestal y de Fauna Silvestre (SERFOR) y el Ministerio de la Producción (PRODUCE/SANIPES) como Autoridades Administrativas, y la SUNAT, PNP (DIRMEAMB), DICAPI y FEMA como Entidades de Observancia (documentado en la viñeta vignette("contexto-cites-peru")).
  • Se especificó la articulación con el Decreto Supremo n.° 030-2005-AG (Reglamento CITES Perú), el D.S. n.° 004-2014-MINAGRI (fauna silvestre amenazada) y el D.S. n.° 043-2006-AG (flora silvestre amenazada).
• Especificación técnica del Listado de Fauna CITES Perú (2018):
  • Documentación completa de 496 especies oficiales (48 en Apéndice I y 448 en Apéndice II) distribuidas en 8 clases taxonómicas (Actinoperigios, Anfibios, Antozoos, Aves, Condrictios, Mamíferos, Reptiles).
  • Aclaración sobre las 16 especies registradas en el Apéndice III (no contabilizadas en el total oficial nacional por no haber solicitado el Perú inclusiones en dicho apéndice).
  • Adopción de las decisiones de la CoP17 de CITES (Johannesburgo 2016) y nomenclatura normalizada (Res. Conf. 12.11 Rev. CoP17).
• Especificación técnica del Listado de Flora CITES Perú (2018):
  • Documentación completa de aproximadamente 2506 taxa en 9 familias botánicas (Orchidaceae, Cactaceae, Cyatheaceae, Fabaceae, Zamiaceae, Dicksoniaceae, Meliaceae, Lauraceae, Euphorbiaceae).
  • Incorporación del tratamiento taxonómico de Cactaceae según el CITES Cactaceae Checklist 3.ª edición (Hunt, 2016).
  • Documentación del sistema de 24 acrónimos departamentales de Lamas & Encarnación (1976), el significado del símbolo ? y las anotaciones de derivados (#).
  • Registro de herbarios físicos (USM, MOL) y virtuales (MO, US, NY, F).
• Incorporación y exportación de datos (data/):
  • Se procesaron y exportaron mediante usethis::use_data() los cuatro listados oficiales CITES de Perú:
    • cites_fauna_peru_2018 (512 observaciones, 17 variables: 496 especies oficiales reguladas + 16 de Apéndice III).
    • cites_fauna_peru_2019 (523 observaciones, 17 variables: actualización oficial v.2019-01 con ámbito ecológico y género).
    • cites_fauna_peru_2023 (568 observaciones, 17 variables: resoluciones CoP19 Panamá 2022 vigentes en 2023, competencia sectorial SERFOR/PRODUCE y año de inclusión/enmienda).
    • cites_flora_peru_2018 (2506 observaciones, 10 variables: listado completo en 9 familias botánicas nativas).
    • codigos_departamentos_pe (24 observaciones, 3 variables: acrónimos estándar de Lamas & Encarnación 1976 y códigos UBIGEO del INEI).
  • Se creó el script reproducible de preparación en data-raw/01_preparar_datos_cites.R.
  • Se documentaron exhaustivamente las variables, fuentes oficiales y ejemplos de uso en R/data.R y se compilaron los manuales correspondientes en man/.
• Sistema de consulta y concordancia taxonómica (matching):
  • Se implementó el motor de matching taxonómico inspirado en la arquitectura de wcvpmatch, optimizado en R puro:
    • cites_classify_names() (y alias classify_spnames()): clasificador y normalizador de nombres binominales y trinominales, separando género, epíteto específico, rango infraespecífico, epíteto infraespecífico, autoría y banderas (has_cf, has_aff, is_sp, is_spp, had_hybrid).
    • cites_match() (y alias cites_matching(), match_cites_pe()): tubería secuencial optimizada con direct match (coincidencia exacta), synonym match (resolución de sinónimos oficiales a taxón CITES aceptado y su Apéndice), suffix match (flexión de género en sufijos latinos), fuzzy match acotado al género por distancia de edición (max_dist), y genus match para taxones regulados a nivel genérico o con calificador sp./spp..
    • is_cites() (y alias is_cites_pe()): evaluación booleana vectorizada ultrarrápida (TRUE/FALSE/NA).
  • Se compiló el backbone interno pre-indexado en R/sysdata.rda integrando 5,816 registros taxonómicos (3,053 aceptados y 2,763 sinónimos oficiales) con acceso hash O(1).
  • Se incorporaron pruebas unitarias completas en tests/testthat/test-matching.R alcanzando 72 pruebas exitosas en el paquete (0 FAIL | 0 WARN | 72 PASS).
• Mensaje de inicio e interactividad estilo tidyverse (R/zzz.R):
  • Se implementó el hook .onAttach() con la estética visual y diseño de reglas de {cli} al estilo {tidyverse}: encabezado con versión (destacando sufijos .9000 en rojo), cuadrícula en dos columnas con marcas de verificación (tick) para los 4 listados oficiales y el motor de matching, enlaces interactivos y notas institucionales de autoridades CITES Perú (MINAM, SERFOR, PRODUCE).
  • Se integró detección de conflictos homónimos (citesperu_conflicts()) y soporte para silenciado mediante options(citesperu.quiet = TRUE) y suppressPackageStartupMessages().

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