The hardware and bandwidth for this mirror is donated by METANET, the Webhosting and Full Service-Cloud Provider.
If you wish to report a bug, or if you are interested in having us mirror your free-software or open-source project, please feel free to contact us at mirror[@]metanet.ch.

Package {citesperu}

Title: Peruvian Species Checklists from CITES Publications
Version: 0.1.0
Description: Provides tools and official datasets for working with Peruvian fauna and flora checklists published by the Ministry of the Environment (MINAM) under the Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES). Includes official datasets for fauna (2018, 2019, 2023) and flora (2018), with tools for reproducible data preparation, checklist queries, scientific name matching and summaries by appendix and taxonomic group.
License: MIT + file LICENSE
Suggests: testthat (≥ 3.0.0), knitr, rmarkdown
VignetteBuilder: knitr
Config/testthat/edition: 3
Encoding: UTF-8
Config/roxygen2/version: 8.1.0
URL: https://github.com/PaulESantos/citesperu, https://paulesantos.github.io/citesperu/
BugReports: https://github.com/PaulESantos/citesperu/issues
Depends: R (≥ 3.5)
Imports: cli, dplyr, tibble
LazyData: true
NeedsCompilation: no
Packaged: 2026-09-28 02:43:15 UTC; PC
Author: Paul E. Santos Andrade ORCID iD [aut, cre, cph]
Maintainer: Paul E. Santos Andrade <paulefrens@gmail.com>
Repository: CRAN
Date/Publication: 2026-10-08 09:40:09 UTC

citesperu: Peruvian Species Checklists from CITES Publications

Description

citesperu provides structured, tidy datasets and query tools for Peruvian wildlife species listed in the Appendices of the Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES), as officially compiled and published by Peru's Ministry of the Environment (MINAM).

Details

In Peru, CITES implementation is coordinated across competent national authorities:

Baseline Datasets

Author(s)

Maintainer: Paul E. Santos Andrade paulefrens@gmail.com (ORCID) [copyright holder]

Authors:

See Also

Clasificar y Normalizar Nombres Científicos en Componentes Taxonómicos

Description

Desglosa y normaliza nombres científicos de plantas o animales en sus componentes taxonómicos elementales: género, epíteto específico, rango infraespecífico, epíteto infraespecífico y autoría. Detecta además calificadores botánicos y zoológicos habituales (cf., aff., sp., spp., marcadores de híbrido).

Esta función sigue la convención establecida en paquetes como wcvpmatch:

Usage

cites_classify_names(splist, name_col = NULL)

cites_classify_spnames(splist, name_col = NULL)

Arguments

splist

Vector de caracteres con nombres científicos, o un data frame / tibble con una columna de nombres.

name_col

Nombre de la columna que contiene los nombres si splist es un data frame. Por defecto busca columnas como "species", "especie", "nombre_cientifico" o "name".

Value

Un tibble con una fila por cada nombre de entrada y las columnas normalizadas y banderas.

Examples

cites_classify_names(c(
  "Tremarctos ornatus (F. G. Cuvier, 1825)",
  "Swietenia macrophylla King",
  "Phragmipedium boissierianum var. czerwiakowianum",
  "Cedrela cf. odorata",
  "Touit sp.",
  "X Haagespostoa albisetata"
))

Fauna silvestre de Perú incluida en los Apéndices de la CITES (2018)

Description

Base de datos estructurada a partir del documento oficial "Listado de especies de Fauna Silvestre CITES - Perú", publicado por el Ministerio del Ambiente (MINAM) como Autoridad Científica CITES en enero de 2018.

Format

Un data frame con 512 observaciones (496 especies oficiales reguladas más 16 asociadas al Apéndice III) y 17 variables:

id_especie

Identificador numérico secuencial único asignado al registro.

phylum

Phylum al que pertenece la especie según la clasificación de la fuente (Chordata, Cnidaria o Echinodermata).

clase

Clase taxonómica (Actinopterygii, Amphibia, Anthozoa, Aves, Chondrichthyes, Holothuroidea, Mammalia, Reptilia).

subclase

Subclase taxonómica cuando aplica (ej. Elasmobranchii) o NA.

orden

Orden taxonómico.

familia

Familia taxonómica.

referencia_num

Número correlativo de llamada de nota explicativa o referencia bibliográfica al pie en la publicación.

n

Número correlativo asignado dentro de cada clase en el listado original.

especie

Nombre científico del taxón aceptado.

categoria_nacional

Categoría de conservación nacional según el Decreto Supremo n.° 004-2014-MINAGRI: "CR" (En peligro crítico), "EN" (En peligro), "VU" (Vulnerable), "NT" (Casi amenazado), "DD" (Datos insuficientes) o NA (no categorizado).

uicn

Categoría en la Lista Roja de la UICN ("CR", "EN", "VU", "NT", "LC", "DD" o NA).

n_e

Condición de distribución indicada en el listado: "Nativa" o "Endémica".

nombre_comun

Nombre o nombres comunes vernáculos consignados en el documento fuente (variable multivaluada separada por comas).

sinonimos

Nombres científicos tratados como sinónimos taxonómicos en la publicación (variable multivaluada).

autor

Autoría y año de descripción científica de la especie.

ap

Apéndice de la CITES en el que se encuentra incluida la especie ("I", "II" o "III").

referencia_text

Texto explicativo de la nota técnica de referencia o aclaración sobre presencia geográfica y distribución.

Details

La base contiene los registros de especies de fauna silvestre con distribución en el Perú incluidas en los Apéndices I, II y III de la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES).

La fuente organiza las especies de acuerdo con su clasificación taxonómica superior (Phylum, Clase, Subclase, Orden y Familia) y presenta para cada registro información sobre el nombre científico, Apéndice CITES, categoría de conservación nacional según el D.S. n.° 004-2014-MINAGRI, categoría de la Lista Roja de la UICN, condición de distribución (Nativa o Endémica), nombres comunes, sinónimos, autoría taxonómica y notas explicativas.

Composición y Cifras Oficiales: La publicación oficial reporta un total de 496 especies peruanas reguladas:

Tratamiento del Apéndice III: El MINAM aclara expresamente que las especies del Apéndice III presentes en el país fueron incluidas a solicitud de otros Estados Parte; debido a que el Perú no ha solicitado la inclusión de ninguna especie en dicho apéndice, estos 16 registros no forman parte de la suma total oficial de 496 especies.

Actualización CoP17 (Johannesburgo 2016): Esta edición integró las resoluciones de la 17.ª Conferencia de las Partes, incluyendo especies adoptadas recientemente como los tiburones zorro (Alopias spp.), las mantarrayas (Mobula spp.) y la rana gigante del lago Titicaca (Telmatobius culeus).

Source

Ministerio del Ambiente (MINAM). 2018. Listado de especies de Fauna Silvestre CITES - Perú. Dirección General de Diversidad Biológica, Lima, Perú. Compendio oficial en Gob.pe: https://www.gob.pe/institucion/minam/informes-publicaciones/395692-listado-fauna-cites-peru-2018

Examples

data(cites_fauna_peru_2018)

# Filtrar especies en el Apéndice I
subset(cites_fauna_peru_2018, ap == "I")

# Resumen por clase taxonómica
table(cites_fauna_peru_2018$clase, cites_fauna_peru_2018$ap)

Fauna silvestre de Perú incluida en los Apéndices de la CITES (2019)

Description

Base de datos estructurada a partir del documento oficial "Listado de especies de Fauna Silvestre CITES - Perú (v.2019-01)", publicado por el Ministerio del Ambiente (MINAM) como Autoridad Científica CITES.

Format

Un data frame con 523 observaciones y 17 variables:

id

Identificador numérico correlativo de la especie en el listado.

phylum

Phylum taxonómico (Chordata, Cnidaria, Echinodermata).

clase

Clase taxonómica (Actinopterygii, Amphibia, Anthozoa, Aves, Chondrichthyes, Holothuroidea, Mammalia, Reptilia).

subclase

Subclase taxonómica cuando aplica (ej. Elasmobranchii) o NA.

orden

Orden taxonómico.

familia

Familia taxonómica.

genero

Género taxonómico.

nombre_cientifico

Nombre científico de la especie.

apendice

Apéndice CITES en el que se encuentra incluida la especie ("I", "II", "III" o "III/w").

ds_n_004_2014

Categoría de conservación nacional según el D.S. n.° 004-2014-MINAGRI: "CR", "EN", "VU", "NT" o NA.

uicn

Categoría en la Lista Roja de la UICN ("CR", "EN", "VU", "NT", "LC", "DD" o NA).

geografia

Condición de distribución geográfica en el Perú: "Nativa" o "Endémica".

nombre_comun

Nombre o nombres comunes vernáculos (variable multivaluada separada por comas).

sinonimos

Sinónimos taxonómicos consignados en la publicación (variable multivaluada).

autor

Autoría y año de descripción científica del taxón.

comentarios_de_referencia

Notas aclaratorias, comentarios sobre distribución, citas o precisiones taxonómicas.

ambito

Ámbito ecológico/geográfico principal asignado en el listado (ej. "AMA" para Amazónico, "MAR" para Marino, "AND" para Andino, "COS" para Costero).

Details

Esta actualización consolida 523 registros taxonómicos de fauna silvestre y especies hidrobiológicas presentes en el Perú, incorporando precisiones sobre género, ámbito ecológico (amazónico, marino, etc.) y comentarios de referencia actualizados.

Source

Ministerio del Ambiente (MINAM). 2019. Listado de Fauna CITES Perú v.2019-01. Dirección General de Diversidad Biológica, Lima, Perú. Ficha oficial en Gob.pe: https://www.gob.pe/institucion/minam/informes-publicaciones/395688-listado-fauna-cites-peru-2019-version-1-noviembre-del-2019

Examples

data(cites_fauna_peru_2019)

# Distribución por ámbito ecológico
table(cites_fauna_peru_2019$ambito, useNA = "ifany")

# Especies amenazadas a nivel nacional en Apéndice I
subset(cites_fauna_peru_2019, apendice == "I" & !is.na(ds_n_004_2014))

Fauna silvestre de Perú incluida en los Apéndices de la CITES (2023)

Description

Base de datos estructurada a partir del documento oficial "Listado de especies de Fauna Silvestre CITES - Perú (v.2023 MAR)", publicado por el Ministerio del Ambiente (MINAM) como Autoridad Científica CITES en marzo de 2023.

Format

Un data frame con 568 observaciones y 17 variables:

n

Número correlativo oficial asignado a la especie de 1 a 568.

fauna_silvestre_especie_hidrobiologica

Competencia sectorial de administración: "FAUNA" (recursos terrestres bajo rectoría de SERFOR) o "HIDROBIOLÓGICO" (recursos acuáticos/pesqueros bajo rectoría de PRODUCE).

phyllum

Phyllum al que pertenece la especie (Chordata, Cnidaria, Echinodermata).

clase

Clase taxonómica (Actinopterygii, Amphibia, Anthozoa, Aves, Chondrichthyes, Holothuroidea, Mammalia, Reptilia).

orden

Orden taxonómico.

familia

Familia taxonómica.

genero

Género taxonómico.

especie_nombre_cientifico

Nombre científico de la especie.

nombre_comun

Nombres vernáculos o comunes registrados (variable multivaluada separada por comas).

apendice

Apéndice CITES en el que se encuentra regulada la especie ("I", "II", "III" o "III/w").

inclusion_y_o_enmienda

Año de inclusión inicial o de la última enmienda de la especie en los Apéndices de la CITES (ej. 1975, 1987, 2019, 2023).

categoria_nacional

Categoría de conservación nacional según el D.S. n.° 004-2014-MINAGRI: "CR", "EN", "VU", "NT", "DD" o NA.

uicn

Categoría en la Lista Roja de la UICN ("CR", "EN", "VU", "NT", "LC", "DD", "LR", "NE").

geografia

Condición de distribución geográfica en el Perú: "Nativa" o "Endémica".

autor

Autoría y año de descripción científica de la especie.

sinonimos

Sinónimos taxonómicos consignados en la publicación (variable multivaluada).

comentarios_de_referencia

Comentarios técnicos de referencia, alcance de inclusión por orden/familia o precisiones de poblaciones.

Details

Incorpora las resoluciones y enmiendas adoptadas en la 19.ª Conferencia de las Partes (CoP19, Panamá 2022) que entraron en vigor internacional el 23 de febrero de 2023. Comprende 568 especies oficiales con presencia confirmada en el Perú (48 en Apéndice I, 503 en Apéndice II y 17 en Apéndice III), categorizadas además por la competencia de gestión sectorial (Fauna Silvestre bajo SERFOR o Especie Hidrobiológica bajo PRODUCE).

Composición Oficial por Clases (2023): El compendio oficial reporta un total de 568 especies:

Source

Ministerio del Ambiente (MINAM). 2023. Listado de especies de Fauna Silvestre CITES - Perú (v.2023 MAR). Dirección General de Diversidad Biológica, Lima, Perú. Publicación oficial en Gob.pe: https://www.gob.pe/institucion/minam/informes-publicaciones/4109405-listado-de-fauna-cites-peru-2023

Examples

data(cites_fauna_peru_2023)

# Conteo de especies por competencia sectorial y apéndice
table(cites_fauna_peru_2023$fauna_silvestre_especie_hidrobiologica, cites_fauna_peru_2023$apendice)

# Especies incorporadas o enmendadas en la CoP19 (2023)
subset(cites_fauna_peru_2023, inclusion_y_o_enmienda == 2023)

Flora silvestre de Perú incluida en los Apéndices de la CITES (2018)

Description

Base de datos estructurada a partir del documento oficial "Listado de especies de Flora Silvestre CITES - Perú", publicado por el Ministerio del Ambiente (MINAM) como Autoridad Científica CITES en enero de 2018.

Format

Un data frame con 2506 observaciones y 10 variables:

item

Número de orden consecutivo general del 1 al 2506.

apendice

Apéndice CITES en el que se encuentra incluido el taxón ("I", "II" o "III").

familia

Familia botánica en mayúsculas (ej. "ORCHIDACEAE", "CACTACEAE").

n

Número correlativo asignado dentro de cada familia o sección en la fuente.

especie

Nombre científico del taxón aceptado (especie, subespecie o variedad) con su correspondiente autoría botánica.

sinonimia

Nombres científicos tratados como sinónimos taxonómicos en la publicación (variable multivaluada).

nombre_local

Nombre común o vernáculo local registrado (ej. "Zapatito", "Caoba", o "Sin registro").

distribucion

Distribución departamental en el Perú según los acrónimos de 2 letras de Lamas & Encarnación (1976), separados por comas. El símbolo "?" indica presencia confirmada en el Perú pero sin referencia departamental precisa.

endemismo

Condición de endemismo: "Si", "No" o "Endémica".

referencias

Citas bibliográficas botánicas que respaldan la descripción, el checklist o la sinonimia del taxón.

Details

El listado comprende las especies nativas de plantas vasculares peruanas incluidas en los Apéndices I, II y III de la CITES, agrupadas en 9 familias botánicas. Destaca la incorporación integral de la 3.ª edición del CITES Cactaceae Checklist (Hunt, 2016) y la revisión de colecciones de herbarios físicos (USM, MOL) y virtuales internacionales (MO, US, NY, F).

Distribución de Taxa por Familia Botánica: El compendio oficial reporta un total de 2506 taxa:

Acrónimos Departamentales (Lamas y Encarnación, 1976): La variable distribucion utiliza los códigos oficiales: AM (Amazonas), AN (Áncash), AP (Apurímac), AR (Arequipa), AY (Ayacucho), CA (Cajamarca), CU (Cusco), HU (Huánuco), HV (Huancavelica), IC (Ica), JU (Junín), LA (Lambayeque), LI (Lima), LL (La Libertad), LO (Loreto), MD (Madre de Dios), MO (Moquegua), PA (Pasco), PI (Piura), PU (Puno), SM (San Martín), TA (Tacna), TU (Tumbes), UC (Ucayali).

El símbolo "?" no significa estatus taxonómico dudoso; indica que la especie procede fehacientemente de colectas peruanas pero la etiqueta de herbario no especifica el departamento.

Source

Ministerio del Ambiente (MINAM). 2018. Listado de especies de Flora Silvestre CITES - Perú. Dirección General de Diversidad Biológica, Lima, Perú. Publicación oficial en Gob.pe: https://www.gob.pe/institucion/minam/informes-publicaciones/395685-listado-flora-cites-peru-2018

References

Hunt, D. (2016). CITES Cactaceae Checklist. Third Edition. Royal Botanic Gardens, Kew.

Lamas, G. & Encarnación, J. (1976). Acrónimos departamentales para registros biogeográficos peruanos.

Examples

data(cites_flora_peru_2018)

# Consultar orquídeas en el Apéndice I
subset(cites_flora_peru_2018, familia == "ORCHIDACEAE" & apendice == "I")

# Conteo de especies por familia
table(cites_flora_peru_2018$familia)

Consultar y Contrastar Especies con los Apéndices CITES del Perú

Description

Compara una lista de nombres científicos de plantas o animales contra las bases de datos oficiales de CITES Perú (Fauna y Flora), ejecutando un pipeline de concordancia secuencial optimizado:

  1. Direct match: Coincidencia exacta con un taxón CITES aceptado.

  2. Synonym match: Coincidencia con un sinónimo oficial registrado en las publicaciones del MINAM, resolviendo el registro al taxón aceptado y su respectivo Apéndice.

  3. Suffix match: Variación de un par de sufijos latinos permitido dentro del mismo género.

  4. Fuzzy match: Coincidencia aproximada por distancia de edición de Levenshtein, acotada por max_dist; los empates se reportan como ambiguos.

  5. Genus match: Detección de registros CITES para un género ingresado (o con calificador sp./spp.), que requiere validación a nivel de especie.

  6. Unmatched: Nombres sin coincidencia en los listados oficiales nacionales (is_cites = FALSE).

Usage

cites_match(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  max_dist = 1,
  allow_synonyms = TRUE,
  genus_fallback = FALSE,
  output = c("standard", "full")
)

cites_matching(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  max_dist = 1,
  allow_synonyms = TRUE,
  genus_fallback = FALSE,
  output = c("standard", "full")
)

match_cites_pe(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  max_dist = 1,
  allow_synonyms = TRUE,
  genus_fallback = FALSE,
  output = c("standard", "full")
)

Arguments

splist

Vector de caracteres con nombres científicos, o un data.frame / tibble con una columna de nombres taxonómicos.

taxon

Subconjunto de evaluación: "all" (fauna y flora, por defecto), "fauna" o "flora".

edition

Edición del listado oficial a consultar:

  • "latest" (por defecto): Listado de Fauna 2023 (v.2023 MAR) + Listado de Flora 2018.

  • "all": Incluye registros históricos de 2018, 2019 y 2023.

  • "2023": Exclusivamente la edición de Fauna 2023.

  • "2019": Exclusivamente la edición de Fauna 2019.

  • "2018": Edición 2018 (Fauna 2018 y Flora 2018).

max_dist

Distancia máxima de edición permitida para la fase difusa (fuzzy match). Por defecto es 1 (permite 1 inserción, sustitución o eliminación dentro del mismo género).

allow_synonyms

Valor lógico. Si es TRUE (por defecto), resuelve coincidencias con sinónimos oficiales al taxón CITES aceptado. Si es FALSE, solo busca nombres aceptados.

genus_fallback

Valor lógico. Si es FALSE (por defecto), los nombres binominales que no coinciden a nivel de especie permanecen como no listados (unmatched). Si es TRUE, se permite que binomios sin coincidencia específica hagan match con el género si este está regulado.

output

Formato de salida:

  • "standard" (por defecto): Devuelve las columnas esenciales para análisis de conservación.

  • "full": Devuelve la totalidad de componentes de parsing, banderas (has_cf, is_sp) y metadatos de autoría.

Value

Un tibble con los resultados de la concordancia preservando el orden original de entrada. Incluye match_assessment, procedencia de la fuente y la edición efectiva. Sus valores son "matched", "not_listed", "requires_species_validation", "requires_taxonomic_validation" y "ambiguous_match".

Examples

# Consulta exacta y sinónimos
cites_match(c(
  "Tremarctos ornatus",
  "Epipedobates femoralis",
  "Swietenia macrophylla",
  "Paphiopedilum besseae",
  "Homo sapiens"
))

# Consulta con errores tipográficos (fuzzy match)
cites_match(c("Tremarctos ornatu", "Swietenia macrofila"), max_dist = 2)

# Consulta a nivel de género
cites_match(c("Cedrela sp.", "Touit spp."))

Códigos y Acrónimos de Departamentos del Perú (Lamas y Encarnación, 1976)

Description

Tabla de referencia con los acrónimos estándar de dos letras utilizados históricamente en biogeografía peruana y adoptados por el MINAM en los listados oficiales de flora CITES para registrar la distribución geográfica departamental.

Format

Un data frame con 24 observaciones y 3 variables:

acronimo

Código de 2 letras en mayúsculas (ej. "AM", "CU", "LO").

departamento

Nombre completo del departamento o región del Perú.

ubigeo_inei

Código de ubicación geográfica departamental de 2 dígitos según el INEI.

Details

En las tablas de distribución botánica del MINAM, se utiliza además el símbolo especial "?" para señalar que una especie cuenta con registro o colecta confirmada en el Perú, pero el espécimen de herbario carece de localidad o departamento explícito en su etiqueta.

References

Lamas, G. & Encarnación, J. (1976). Acrónimos departamentales para registros biogeográficos peruanos.

Examples

data(codigos_departamentos_pe)
head(codigos_departamentos_pe)

Verificación Booleana de Inclusión en los Apéndices CITES del Perú

Description

Comprueba de forma vectorizada si cada uno de los nombres científicos consultados se encuentra incluido en los Apéndices CITES del Perú como taxón aceptado o sinónimo oficial sin calificadores de incertidumbre. Las coincidencias por género, sufijo o aproximación deben revisarse con cites_match() y no devuelven TRUE en esta función.

Usage

is_cites(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  allow_synonyms = TRUE
)

is_cites_pe(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  allow_synonyms = TRUE
)

cites_is_cites(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  allow_synonyms = TRUE
)

Arguments

splist

Vector de caracteres con nombres científicos, o un data.frame con una columna de nombres taxonómicos.

taxon

Subconjunto de evaluación: "all" (fauna y flora, por defecto), "fauna" o "flora".

edition

Edición del listado oficial a consultar ("latest" por defecto).

allow_synonyms

Si es TRUE (por defecto), considera válidos los sinónimos oficiales registrados en los documentos del MINAM.

Value

Un vector lógico (TRUE, FALSE o NA) con la misma longitud que splist.

Examples

# Consulta vectorizada simple
is_cites(c(
  "Tremarctos ornatus",
  "Swietenia macrophylla",
  "Canis lupus familiaris",
  "Homo sapiens"
))

# Consulta diferenciando fauna y flora
is_cites("Tremarctos ornatus", taxon = "fauna")
is_cites("Tremarctos ornatus", taxon = "flora")

These binaries (installable software) and packages are in development.
They may not be fully stable and should be used with caution. We make no claims about them.