## ----include = FALSE----------------------------------------------------------
knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
)

## ----setup--------------------------------------------------------------------
library(citesperu)

## -----------------------------------------------------------------------------
nombres <- c(
  "Tremarctos ornatus",      # 1. Coincidencia exacta (Oso andino, Fauna Ap. I)
  "Epipedobates femoralis",  # 2. Sinónimo de fauna resuelto a Allobates femoralis (Ap. II)
  "Paphiopedilum besseae",   # 3. Sinónimo de flora resuelto a Phragmipedium besseae (Ap. I)
  "Cedrela odoratus",        # 4. Variación de sufijo (-us por -a en Cedrela odorata)
  "Tremarctos ornatu",       # 5. Fuzzy match en epíteto (falta 's', dist = 1)
  "Swietenia macrophyla",    # 6. Fuzzy match en epíteto (falta 'l', dist = 1)
  "Canis familiaris"         # 7. No CITES (unmatched)
)

resultado <- cites_match(nombres, max_dist = 1)
resultado[, c("input_name", "matched_name", "accepted_name", "match_type", "match_assessment", "is_cites", "apendice", "taxon", "edition_used", "source_dataset", "source_row_id")]

## -----------------------------------------------------------------------------
# Restringir solo a fauna
cites_match("Tremarctos ornatus", taxon = "fauna")[, c("input_name", "is_cites", "taxon")]

# Si se busca una planta en el filtro de fauna, resultará unmatched
cites_match("Swietenia macrophylla", taxon = "fauna")[, c("input_name", "is_cites", "match_type")]

## -----------------------------------------------------------------------------
# Consultar la edición 2018
cites_match("Tremarctos ornatus", edition = "2018")[, c("input_name", "apendice")]

# La edición 2019 también conserva su procedencia
cites_match("Tremarctos ornatus", edition = "2019")[, c(
  "input_name", "apendice", "edition_used", "source_dataset", "source_row_id"
)]

## ----message=FALSE------------------------------------------------------------
library(dplyr)

inventario <- tibble(
  codigo_muestra = c("M-01", "M-02", "M-03", "M-04"),
  nombre_declarado = c("Tremarctos ornatus", "Epipedobates femoralis", "Cedrela odoratus", "Zea mays")
)

# Evaluación con cites_match()
eval_cites <- cites_match(inventario$nombre_declarado)

# Integrar resultados al inventario
inventario_validado <- bind_cols(
  inventario,
  eval_cites %>% select(
    cites_aceptado = accepted_name,
    apendice,
    tipo_match = match_type,
    es_cites = is_cites
  )
)

inventario_validado