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ciecl 0.9.2 (2026-01-20)

CRAN Resubmission - Example Timing

• Ejemplos de cie_search() envueltos en \donttest{} para reducir tiempo de check
• Tiempo de ejemplos reducido de ~12s a ~2s

ciecl 0.9.1 (2026-01-19)

English summary below

CRAN Resubmission Fixes

Correccion de errores reportados por CRAN en revision de v0.9.0.

Bug Fixes

• FTS5 tabla faltante: Agregar verificacion independiente de cie10_fts
  • Si la BD tiene cie10 pero no cie10_fts (cache corrupto), ahora se recrea
  • Soluciona error “no such table: cie10_fts” en examples/tests
  • Afecta get_cie10_db() en R/cie-sql.R
• Link invalido README: Cambiar link relativo DEPENDENCIAS.md a URL absoluta
  • CRAN no incluye archivos de raiz en paquete instalado
  • Ahora apunta a GitHub: https://github.com/Rodotasso/ciecl/blob/main/DEPENDENCIAS.md
• Script audit removido de tests/: Mover audit_elite_cran.R a tools/
  • Contenia rutas hardcodeadas locales
  • CRAN no ejecuta scripts en tools/

Tests y Validacion

• 0 errores, 0 warnings en R CMD check (Windows, macOS, Linux)
• Examples de cie_lookup() y cie_search() ejecutan sin error

English Summary

CRAN Resubmission Fixes

• Missing FTS5 table: Independent verification of cie10_fts table
• Invalid README link: Changed relative link to absolute GitHub URL
• Audit script moved: audit_elite_cran.R moved from tests/ to tools/

ciecl 0.9.0 (2026-01-18)

English summary below

Optimizacion de Rendimiento - FTS5

Version candidata a release con mejoras significativas de rendimiento.

Nuevas Funcionalidades

• FTS5 Full-Text Search: Busquedas de texto ~100x mas rapidas
  • Tabla virtual SQLite FTS5 para pre-filtrado en SQL
  • cie_search() ahora filtra en SQLite antes de traer datos a R
  • Reduccion de tiempo de busqueda de ~30s a <1s
• Vectorizacion de cie_lookup(): Query batch con IN clause
  • Una sola conexion para multiples codigos (antes N conexiones)
  • Mejora significativa para procesamiento de datasets grandes

Seguridad

• Sanitizacion SQL injection en FTS5: Solo caracteres alfanumericos permitidos
• Proteccion contra inyeccion de comandos FTS5 maliciosos

Limpieza de Proyecto

• Fixtures de prueba movidos fuera del paquete (reduccion ~2.5 MB)
• Eliminado helper-fixtures.R no utilizado

Tests y Validacion

• 1088 tests pasando
• 0 errores, 0 warnings en R CMD check
• Cobertura de tests mantenida

English Summary

Performance Optimization - FTS5

Release candidate with significant performance improvements.

• FTS5 Full-Text Search: ~100x faster text searches
• Vectorized cie_lookup(): Batch queries with IN clause
• SQL injection protection: Sanitized FTS5 inputs
• Project cleanup: Test fixtures moved outside package

Tests: 1088 passing | R CMD check: 0 errors, 0 warnings

ciecl 0.8.0 (2026-01-17)

English summary below

Suite de Tests Exhaustiva - Cobertura CRAN

Aumento masivo de cobertura de tests para cumplir estandares CRAN:

• 850 tests (antes 305)
• 96.41% cobertura (meta CRAN >80%)
• 0 errores, 0 warnings, 0 notes en R CMD check

Nuevos Archivos de Tests

• test-cie-data.R: Tests para funciones de generacion de datos
  • parsear_cie10_minsal(): Parsing de XLS MINSAL
  • generar_cie10_cl(): Generacion de dataset
  • Validacion de dataset cie10_cl cargado
  • Verificacion de estructura, unicidad y formatos
• test-data-integrity.R: Validacion de integridad del dataset cie10_cl
  • Estructura de columnas correcta
  • 39,877 codigos unicos
  • Sin NAs ni valores vacios en campos criticos
  • Formato CIE-10 valido (>95% de codigos)
  • Codigos especificos conocidos (diabetes, hipertension, neoplasias, IAM)
• test-utils-internal.R: Tests de funciones internas
  • normalizar_tildes(): Remocion de tildes y caracteres especiales
  • get_siglas_medicas(): Diccionario de 88 siglas medicas
  • expandir_sigla(): Expansion de siglas a terminos de busqueda
  • extract_cie_from_text(): Extraccion de codigos de texto con ruido
  • cie10_empty_tibble(): Tibble vacio con estructura correcta
  • sigla_to_codigo(): Conversion de siglas a codigos CIE-10
  • cie_lookup_single(): Busqueda interna de codigo unico
• test-comorbid-validation.R: Validacion exhaustiva de comorbilidades
  • Calculo Charlson con datos sinteticos
  • Calculo Elixhauser con categorias validadas
  • Manejo de NA y codigos vacios
  • Categorizacion correcta por patologia
• test-api-mock.R: Tests de API sin conexion real
  • Validacion de parametros
  • Manejo de errores
  • Formato de API key
  • Estructura de respuesta

Tests Expandidos

• test-robustness.R: +40 nuevos tests
  • get_cie10_db(): Conexion DBI, creacion de indices
  • cie10_clear_cache(): Eliminacion idempotente
  • cie10_sql(): Bloqueo de keywords peligrosos (DROP, DELETE, UPDATE, etc.)
  • Proteccion contra SQL injection
• test-cie-search.R: +15 nuevos tests
  • Edge cases de threshold (0.0, 1.0)
  • Modo solo_fuzzy=TRUE
  • Busqueda en campo inclusion
  • Validacion de parametros incorrectos
  • Normalizacion de tildes
  • cie_guia_busqueda()
• test-cie-table.R: +8 nuevos tests
  • Parametro interactive
  • Expansion jerarquica
  • Columnas esperadas
  • Manejo de codigos invalidos
• test-cie-utils.R: +36 nuevos tests
  • cie_normalizar() con buscar_db=TRUE y edge cases
  • cie_validate_vector() con strict=TRUE y validacion DB
  • cie_expand() con valores vacios/NA/NULL
  • Manejo de caracteres especiales Unicode
  • Cobertura: 94.55%
• test-cie-api.R: +12 nuevos tests
  • Tests con API real (skip_on_cran, requiere ICD_API_KEY)
  • Parsing de resultados JSON
  • Manejo de busquedas sin resultados
  • Limpieza de tags HTML
  • Soporte idiomas es/en
• test-cie-sql.R: +15 nuevos tests
  • Queries con WHERE, LIKE, GROUP BY, ORDER BY
  • Bloqueo de ALTER, CREATE, TRUNCATE, ATTACH, PRAGMA
  • Queries con saltos de linea

Mejoras de Estabilidad

• API estable sin breaking changes
• Manejo robusto de errores en todas las funciones
• Conexiones DB con on.exit() garantizado
• Validacion de inputs en funciones publicas

English Summary

First Stable Release

First stable version of ciecl, the R package for working with Chile’s official ICD-10 classification (MINSAL/DEIS v2018).

Comprehensive Test Suite - CRAN Ready

• 850 tests (up from 305)
• 96.41% coverage (CRAN target >80%)
• 0 errors, 0 warnings, 0 notes in R CMD check

New test files for: - Data generation functions (parsear_cie10_minsal, generar_cie10_cl) - Dataset integrity validation - Internal functions - Comorbidity validation - API mocking and real API tests - Expanded robustness tests - SQL security tests - Edge cases coverage

Coverage by file: - cie-search.R: 99.38% - cie-sql.R: 97.37% - cie-comorbid.R: 96.77% - cie-utils.R: 94.55% - cie-table.R: 92.00%

ciecl 0.1.0 (2026-01-17)

English summary below

Tests de Comorbilidad

Validacion exhaustiva de funciones cie_comorbid() y cie_map_comorbid() con bases sinteticas:

Bases de Prueba Generadas

• 15_comorbid_charlson.csv: 500 pacientes, 2007 diagnosticos
  • Codigos de 17 categorias Charlson (MI, CHF, PVD, CEVD, demencia, EPOC, etc.)
  • Scores validados: rango 1-15 puntos
• 16_comorbid_elixhauser.csv: 500 pacientes, 3219 diagnosticos
  • Codigos de 31 categorias Elixhauser
  • Categorias por paciente: 1-8
• 17_comorbid_mixto.csv: 200 pacientes, edge cases
  • 50 pacientes con NA en diagnosticos (ignorados correctamente)
  • 50 pacientes con codigos invalidos mezclados
  • 50 pacientes con un solo codigo
  • Validacion de robustez ante datos sucios

Resultados de Validacion

• cie_comorbid(map="charlson"): Calculo correcto de score_charlson
• cie_comorbid(map="elixhauser"): Calculo correcto de categorias booleanas
• Manejo robusto de NA y codigos vacios (warnings informativos)
• Codigos invalidos no afectan calculo de pacientes validos

Codigos CIE-10 Testeados por Categoria

• Infarto miocardio: I21.0-I22.9, I25.2
• Insuficiencia cardiaca: I50.0-I50.9, I11.0, I13.0
• Diabetes: E10.0-E14.9 (sin/con complicaciones)
• Enfermedad renal: N18.1-N18.9, N19
• EPOC: J40-J44.9
• Cancer: C18.x, C34.x, C50.x, C61, C67.x, C71.x, C73
• VIH/SIDA: B20-B24

Bug Fixes

• cie_lookup_single(): Corregir emisión de warning para rangos invertidos
  • Usar paste0() en lugar de concatenación con comas en warning()
  • Tests ahora suprimen warnings esperados con suppressWarnings()

Mejoras

• cie_lookup(): Documentación mejorada del parámetro extract:
  • Advertencia clara de usar extract=TRUE solo con códigos escalares
  • Ejemplos de uso correcto con prefijos/sufijos
  • Evita confusiones con vectores múltiples
• extract_cie_from_text(): Función interna para extraer código CIE-10 de texto con ruido
  • Soporta prefijos: “CIE:E11.0” -> “E11.0”
  • Soporta sufijos: “E11.0-confirmado” -> “E11.0”
  • Soporta ambos: “CIE:E11.0-prov” -> “E11.0”

Tests

• test-cie-search.R: Modificar test de rangos invertidos para usar suppressWarnings()
• test-edge-cases.R: Modificar test de rangos para usar suppressWarnings()

English Summary

Comorbidity Tests

Exhaustive validation of cie_comorbid() and cie_map_comorbid() with synthetic datasets: * 500-patient Charlson test base with 2007 diagnoses * 500-patient Elixhauser test base with 3219 diagnoses * 200-patient mixed test base with edge cases (NA values, invalid codes)

Bug Fixes

• cie_lookup_single(): Fix warning emission for inverted ranges

Improvements

• cie_lookup(): Improved documentation for extract parameter
• extract_cie_from_text(): Internal function to extract ICD-10 codes from noisy text

ciecl 0.1.0.9000 (desarrollo - historico)

Nuevas funcionalidades

• cie_search(): Soporte para 88 siglas medicas comunes en Chile:
  • Cardiovasculares: IAM, HTA, ACV, FA, ICC, TEP, TVP
  • Respiratorias: TBC, EPOC, NAC, SDRA
  • Metabolicas: DM, DM1, DM2, ERC, IRC
  • Infecciosas: VIH, ITU, ITS
  • Oncologicas: CA, LMA, LMC, LLA, LLC
  • Neurologicas: TEC, EPI, EM, ELA
  • Y muchas mas (ver cie_siglas())
• cie_search(): Tolerancia a tildes mejorada:
  • “neumonia” ahora encuentra “neumonía”
  • “rinon” encuentra “riñón”
  • “corazon” encuentra “corazón”
• cie_search(): Busqueda por subcadena como estrategia principal:
  • Mas rapido y preciso para terminos exactos
  • Fuzzy search como fallback para typos
• cie_siglas(): Nueva funcion para listar todas las siglas medicas soportadas

Datos

• Dataset cie10_cl: Agregados 4 codigos COVID-19 de actualizaciones OMS 2021:
  • U08.9: Historia personal de COVID-19
  • U09.9: Condicion post COVID-19 (COVID prolongado)
  • U10.9: Sindrome inflamatorio multisistemico (PIMS)
  • U12.9: Efecto adverso de vacunas COVID-19 (ESAVI)
  • Total codigos: 39,877 (antes 39,873)

Mejoras

• cie_normalizar(): Manejo robusto de caracteres especiales comunes en datos clinicos:

  • Espacios internos (E 11 0 -> E11.0)
  • Guiones en lugar de puntos (I10-0 -> I10.0)
  • Puntos multiples consecutivos (E..11 -> E.11)
  • Puntos iniciales (.I10 -> I10)
  • Simbolos daga y asterisco de codificacion dual (A17.0† -> A17.0, G01* -> G01)

• cie_normalizar(): Ahora elimina automaticamente el sufijo “X” de codigos CIE-10 (ej. I10X -> I10, J00X -> J00). Esto permite trabajar con codigos que usan “X” para indicar ausencia de subcategoria adicional.

• cie_normalizar(): Preserva X en codigos largos (>5 chars) donde es placeholder obligatorio del 7o caracter de extension en trauma/lesiones (ej. S72X01A). Esto asegura compatibilidad con codificacion ICD-10-CM.

ciecl 0.1.0 (BETA)

NOTA: Esta es una version beta en desarrollo activo. La API puede cambiar antes de la version estable 1.0.0.

Funcionalidades principales

• Sistema de busqueda SQL optimizado con SQLite persistente
• Busqueda fuzzy con algoritmo Jaro-Winkler para matching de terminos medicos
• Calculo de comorbilidades Charlson y Elixhauser adaptadas a codigos chilenos
• Integracion con API CIE-11 de la OMS
• Validacion y expansion de codigos jerarquicos CIE-10
• Tablas interactivas con paquete gt (opcional)
• Dataset completo CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018

Funciones exportadas

Busqueda y consulta

• cie_lookup() - Busqueda exacta por codigo (vectorizada)
• cie_search() - Busqueda fuzzy de terminos medicos
• cie10_sql() - Consultas SQL directas sobre CIE-10
• cie11_search() - Busqueda en API CIE-11 OMS (requiere credenciales)

Utilidades

• cie_expand() - Expansion jerarquica de categorias
• cie_validate_vector() - Validacion formato de codigos
• cie_normalizar() - Normalizacion de codigos
• cie10_clear_cache() - Limpiar cache SQLite

Comorbilidades (requiere paquete comorbidity)

• cie_comorbid() - Calculo de indices de comorbilidad
• cie_map_comorbid() - Mapeo de categorias de comorbilidad

Visualizacion (requiere paquete gt)

• cie_table() - Tablas interactivas GT

Generacion de datos

• generar_cie10_cl() - Generar dataset desde XLS/XLSX MINSAL (requiere readxl)

Dataset incluido

• cie10_cl - 39,873 codigos CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018
  • Incluye categorias (3 digitos) y subcategorias (4+ digitos)
  • Columnas: codigo, descripcion, categoria, inclusion, exclusion, capitulo, es_daga, es_cruz

Estado del desarrollo

• Dataset generado y validado: 39,873 registros
• Tests unitarios: 8 archivos de tests
• R CMD check: 0 errores, 0 warnings
• Documentacion completa con roxygen2
• Vignette funcional incluida

Notas para usuarios beta

Esta version esta siendo probada activamente. Por favor reporta cualquier problema en: https://github.com/RodoTasso/ciecl/issues

Primera release

Primera version beta del paquete ciecl para trabajar con Clasificacion Internacional de Enfermedades CIE-10 de Chile en R.

Fuente de datos: Centro FIC Chile DEIS

These binaries (installable software) and packages are in development.
They may not be fully stable and should be used with caution. We make no claims about them.