Cas général : charger un fichier contenant des géométries et les LCZ associées
Importer les fichiers contenant les LCZ avec la fonction importLCZvect
La fonction importLCZvect est la fonction générique
d’import d’un fichier “vecteur” contenant les LCZ (pour les fichiers
raster, voir la vignette “lcz_explore_raster_vector”). L’import des
fichiers .fgb (format recommandé), .geojson et .shp a été testé, mais
tous les formats acceptés par la fonction st_read de
sf sont normalement importés sans problème.
L’argument dirPath permet d’indiquer le chemin du
répertoire où se trouvent le fichier et l’argument file le
nom du fichier. L’argument column, renseigne le nom de la
colonne contenant les types de zones climatiques locales ou LCZ. Les
arguments optionnels geomID et confid
permettent de spécifier les colonnes contenant les identifiants des
géométries et une mesure de la confiance qu’on a en la valeur de LCZ
attribuée à une géométrie.
Par défaut, importLCZvect ressort un fichier de classe
simple feature, telle que définie par l’OpenGIS et gérée
par le paquet sf, paquet de référence pour la gestion des
données vecteurs dans R [https://doi.org/10.32614/RJ-2018-009]. On peut également
choisir output="bBox" pour que la fonction ressorte la
bounding box des géométries contenues dans le fichier concerné (utile
pour définir une zone et importer un raster, par exemple).
Représenter les LCZ avec la fonction showLCZ
Une fois que le fichier a été chargé dans un objet R de classe
sf, la fonction showLCZ permet de le
représenter. On lui spécifie le jeu de données qu’on a chargé par
l’argument sf, et on lui précise la colonne contenant les
valeurs de LCZ par l’argument column. L’argument
wf permet de spécifier le workflow qui a servi à générer
les données (il sera repris dans le titre du graphique produit).
Représentation standard
L’argument repr=standard (valeur par défaut), permet de
gérer les niveaux de LCZ les plus usuels pour des cartes mises en forme
avec des couleurs standardisées.
On remarque que par défaut, tous les niveaux attendus d’une
classification LCZ sont présents, ce qui peut faciliter l’exploration de
cartes où les niveaux présents ne sont pas les mêmes. Si on souhaite ne
représenter que les niveaux présents dans les données, il suffit de
préciser drop=TRUE et les niveaux absents ne seront pas
représentés.
Représentation alternative
En utilisant la représentation non standard, soit
repr="alter", on peut traiter les cas où : - on a procédé à
un regroupement de modalités, - les LCZ ont un encodage particulier, -
on veut utiliser d’autres couleurs, - on veut utiliser la fonction pour
représenter d’autres variables (voir la fonction
importQualVar).
On passera le vecteur contenant les valeurs possibles dans un
vecteur, par exemple LCZlevels et les couleurs leur
correspondant dans un vecteur qu’il faut nommer colors.
Si repr=alter et que LCZlvels et
colors ne sont pas renseignés les couleurs sont choisies au
sein de la palette “Polychrome 36” du package grDevice, et les niveaux
déduits des valeurs présentes.
# Choix d'un vecteur de couleurs alternatif aléatoire
testCol <- palette.colors(n = 17, palette = "Polychrome 36")
map3 <- showLCZ(sf = redonOSM, wf = "OSM", column = "LCZ_PRIMARY", repr = "alter", colors = testCol, useStandCol = FALSE)
#> typeLevels before trying to group are #5A5156typeLevels before trying to group are #E4E1E3typeLevels before trying to group are #F6222EtypeLevels before trying to group are #FE00FAtypeLevels before trying to group are #16FF32typeLevels before trying to group are #3283FEtypeLevels before trying to group are #FEAF16typeLevels before trying to group are #B00068typeLevels before trying to group are #1CFFCEtypeLevels before trying to group are #90AD1CtypeLevels before trying to group are #2ED9FFtypeLevels before trying to group are #DEA0FDtypeLevels before trying to group are #AA0DFEtypeLevels before trying to group are #F8A19FtypeLevels before trying to group are #325A9BtypeLevels before trying to group are #C4451CtypeLevels before trying to group are #1C8356typeLevels before trying to group are #fc2aac
#> 3: No levels but a color vector which size does not cover the number of levels in the data, missing colors will be picked from a standard palette.
L’argument LCZlevels permet de spécifier les niveaux qui
se trouvent dans les données (il ne peut être utilisé dans le mode
standard). Dans l’exemple ci-dessous, on force la prise en compte d’un
niveau “10” qui n’est pas présent dans les données, et on laisse la
fonction choisir des couleurs aléatoires.
LCZlevels <- c(2, 3, 5, 6, 8, 9, 10, 101, 102, 104, 105, 107)
map4 <- showLCZ(sf = redonOSM, wf = "OSM", column = "LCZ_PRIMARY", repr = "alter", LCZlevels = LCZlevels, drop = FALSE)
#> typeLevels before trying to group are #3659f7typeLevels before trying to group are #0daa7btypeLevels before trying to group are #a02318typeLevels before trying to group are #baebf4typeLevels before trying to group are #599901typeLevels before trying to group are #e585d2typeLevels before trying to group are #fce4b0typeLevels before trying to group are #ef3ba1typeLevels before trying to group are #655fe2typeLevels before trying to group are #f466c0typeLevels before trying to group are #8ef2a6typeLevels before trying to group are #196284typeLevels before trying to group are #0d59ddtypeLevels before trying to group are #cca9e8typeLevels before trying to group are #db5569typeLevels before trying to group are #82e26ftypeLevels before trying to group are #aad8eftypeLevels before trying to group are #ffd9cc
#> 8: No color vector but a level vector whose names don't cover the levels in the data.
#> Missing levels will be deduced from the data and colors will be chosen from a standard palette.
On peut également renseigner le vecteur des couleurs qu’on souhaite
utiliser en renseignant l’argumentcolors. On peut
renseigner les noms de couleurs connues de R ou un code RGB.
# Choix de couleurs prises au hasard
# Après une première représentation on constate qu'il n'y a que les typeLevels 2, 3, 5, 6, 8, 9, 101, 102, 104, 105, 107.
# Je spécifie un vecteur de couleur de taille 11 colors
LCZlevels <- c(2, 3, 5, 6, 8, 9, 101, 102, 104, 105, 107)
couleurs <- c("red", "brown1", "orange", "coral", "grey", "darkgreen", "chartreuse4", "springgreen3",
"darkolivegreen", "black", "#6d67fd")
map5 <- showLCZ(sf = redonOSM, wf = "OSM", column = "LCZ_PRIMARY", repr = "alter", drop = TRUE, LCZlevels = LCZlevels, colors = couleurs)
#> typeLevels before trying to group are redtypeLevels before trying to group are orangetypeLevels before trying to group are coraltypeLevels before trying to group are greytypeLevels before trying to group are darkgreentypeLevels before trying to group are chartreuse4typeLevels before trying to group are springgreen3typeLevels before trying to group are darkolivegreentypeLevels before trying to group are blacktypeLevels before trying to group are #6d67fd
#> One vector of levels, one vector of colors, either the same length (case 9: and 10:), or colors longer (case 12:, unused colors were dropped),
#> reduced to 4: & 5: A single vector was provided, whose names cover the levels in the data (values are expected to be colors). Drop=TRUE, some of the specified levels were not found in the data and were dropped
Regrouper des types de LCZ avec la fonction groupLCZ
Il peut être intéressant de regrouper des niveaux en catégories plus
vastes pour une analyse plus générale. On peut, par exemple, choisir de
regrouper les LCZ urbaines et les LCZ de végétation et ainsi dessiner
une enveloppe urbaine. La fonction groupLCZ prend en
argument le jeu de données à regrouper, sf, et la colonne
où se trouvent les LCZ à regrouper, column.
On renseigne ensuite des vecteurs dont le nom correspond à la catégorie regroupée et qui contient les niveaux à regrouper dans cette catégorie.
Les catégories créées sont ajoutées au jeu de données dans une
colonne, dont on précise le nom dans l’argument outCol (par
défaut outCol="grouped").
On peut alors passer le nouveau jeu de données dans la fonction
LCZshow.
redonOSMgrouped <- groupLCZ(redonOSM, column = "LCZ_PRIMARY",
urban = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9"),
industry = "10",
vegetation = c("101", "102", "103", "104"),
impervious = "105", pervious = "106", water = "107", colors = c("red", "black", "green", "grey", "burlywood", "blue"))
#> Grouping
#> One of the specified levels to group doesn't exist in the data, if it is a mispelled level of the data,
#> this level will be kept as ungroupedsimpleWarning: Unknown levels in `f`: 1, 3, 4, 7, 10, 103, 106
#> Warning: Unknown levels in `f`: 1, 3, 4, 7, 10, 103, 106
map6 <- showLCZ(redonOSMgrouped, column = "grouped", repr = "alter", wf = "OSM",
LCZlevels = c("urban", "industry", "vegetation", "impervious", "pervious", "water"),
colors = c("red", "black", "green", "grey", "burlywood", "blue"))
#> typeLevels before trying to group are redtypeLevels before trying to group are blacktypeLevels before trying to group are greentypeLevels before trying to group are greytypeLevels before trying to group are burlywoodtypeLevels before trying to group are bluetypeLevels before trying to group are #e8a0df
#> One vector of levels, one vector of colors, either the same length (case 9: and 10:), or colors longer (case 12:, unused colors were dropped),
#> reduced to 6: A single vector was provided, whose names don't cover the levels in the data,
#> missing levels were assigned random colors.
Il est important de noter que les colonnes contenant les LCZ en entrée
sont renommées à partir des noms de workflow en sortie, pour éviter des
renommages du type lcz_primary et lcz_primary.1.