sivirep

Descripción

La versión actual de sivirep 0.0.2 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.

Exclusión de responsabilidad

El uso de esta librería, así como de los datos, reportes generados y otros productos derivados de la misma, se realiza bajo la responsabilidad exclusiva del usuario. Ni los autores de la librería, ni la Pontificia Universidad Javeriana, ni la fuente de información asumen responsabilidad alguna por los resultados obtenidos o el uso que se haga de dichos productos.

Motivación

América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.

Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.

El objetivo de sivirep es proporcionar un conjunto de herramientas para:

1. Descargar, preprocesar y preparar los datos de SIVIGILA para su posterior análisis.
2. Generar reportes epidemiológicos automatizados adaptables al contexto.
3. Proporcionar retroalimentación sobre el sistema de vigilancia al proveedor de la fuente de datos.

Potenciales usuarios

• Profesionales de salud pública y de epidemiología de campo que utilizan la fuente de datos de SIVIGILA a nivel local.
• Estudiantes del área de la salud y epidemiología.
• Investigadores y analistas de datos a nivel nacional e internacional.

Versiones futuras

Las versiones futuras de sivirep podrían incluir:

• Interacción con otras fuentes de datos en Colombia.
• Otros sistemas de vigilancia epidemiológica en América Latina.

Contribuciones

Las contribuciones son bienvenidas via pull requests.

Los contribuyentes al paquete incluyen:

Autores: Geraldine Gómez-Millán, Zulma M. Cucunubá, Jennifer A. Mendez-Romero y Claudia Huguett-Aragón

Contribuyentes: Hugo Gruson, Juanita Romero-Garcés, Andrés Moreno, Miguel Gámez, Laura Gómez-Bermeo, Johan Calderón, Lady Flórez-Tapiero, Verónica Tangarife-Arredondo y Gerard Alarcon

Código de conducta

Por favor, ten en cuenta que el proyecto sivirep se publica con un Código de Conducta para Contribuyentes. Al contribuir a este proyecto, aceptas cumplir con sus términos.

Instalación

Puedes instalar la versión de desarrollo de sivirep desde GitHub con los siguientes comandos:

install.packages("pak")
pak::pak("epiverse-trace/sivirep")

Inicio rápido

Puedes iniciar importando el paquete después de finalizada su instalación con el siguiente comando:

library(sivirep)

Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga de forma libre utilizando el comando:

lista_eventos <- list_events()
knitr::kable(lista_eventos)

🦠Listado de enfermedades (haz clic para ver)

Codigo	Enfermedad	Año
100	Accidente Ofídico	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
300	Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
735	Anomalías Congénitas	2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
110	Bajo Peso Al Nacer	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
205	Chagas	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
217	Chikunguya	2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
155	Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino	2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023
459	Cáncer Infantil	2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
210	Dengue	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
220	Dengue Grave	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
112	Desnutrición Aguda En Menores De 5 Años	2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
230	Difteria	2018, 2019, 2021
345	Esi - Irag (Vigilancia Centinela)	2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
349	Eta Colectivo	2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
298	Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
228	Exposición A Flúor	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019
310	Fiebre Amarilla	2007, 2008, 2009
320	Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
330	Hepatitis A	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
340	Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
341	Hepatitis C	2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
343	Hipotiroidismo Congénito	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
348	Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada	2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
356	Intento De Suicidio	2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
412	Intoxicación Por Gases	2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
370	Intoxicación Por Medicamentos	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
390	Intoxicación Por Metales Pesados	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
380	Intoxicación Por Metanol	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
410	Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
360	Intoxicación Por Plaguicidas	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
400	Intoxicación Por Solventes	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
420	Leishmaniasis Cutánea	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
430	Leishmaniasis Mucosa	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
440	Leishmaniasis Visceral	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
450	Lepra	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
455	Leptospirosis	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
452	Lesiones Por Artefactos Explosivos (Pólvora Y Minas Antipersonal)	2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
458	Lesiones Por Pólvora Y Explosivos	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014
456	Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide	2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
457	Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide	2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
465	Malaria	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
460	Malaria Asociada (Formas Mixtas)	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
495	Malaria Complicada	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
470	Malaria Falciparum	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
490	Malaria Vivax	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
500	Meningitis Meningocócica	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
510	Meningitis Por Haemophilus Influenzae	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
520	Meningitis Por Neumococo	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
530	Meningitis Tuberculosa	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
549	Morbilidad Materna Extrema	2012, 2013, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
998	Morbilidad Por Eda	2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
995	Morbilidad Por Ira	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
550	Mortalidad Materna	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
560	Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
580	Mortalidad Por Dengue	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
590	Mortalidad Por Eda 0-4 Años	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
600	Mortalidad Por Ira	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
540	Mortalidad Por Malaria	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
620	Parotiditis	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
670	Rabia Humana	2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2015, 2016, 2017, 2020
710	Rubeola	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012
730	Sarampión	2011, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020
739	Síndrome Inflamatorio Multisistémico En Niños Asociado A Sars-Cov2	2022, 2023
790	Tifus Endémico Trasmitido Por Pulgas	2013, 2014
780	Tifus Epidémico Transmitido Por Piojos	2014
800	Tos Ferina	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
305	Tracoma	2017, 2018, 2019, 2022
810	Tuberculosis Extra Pulmonar	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
825	Tuberculosis Farmacorresistente	2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
820	Tuberculosis Pulmonar	2010, 2011, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
760	Tétanos Accidental	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
770	Tétanos Neonatal	2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
831	Varicela Individual	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
875	Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
895	Zika	2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023

Reporte automatizado

Actualmente, sivirep proporciona una plantilla de reporte llamada Reporte Básico {sivirep}, la cual recibe los siguientes parámetros de entrada: el nombre de la enfermedad, el año, el país, el nombre del departamento (opcional) y el nombre del municipio (opcional) para descargar los datos de la fuente de SIVIGILA.

Para hacer uso de la plantilla del reporte puedes seguir los siguientes pasos:

El reporte que obtendrás al utilizar la plantilla de sivirep es este:

Si deseas generar el reporte en formato PDF debes instalar LateX. Puedes instalarlo siguiendo las instrucciones que se encuentran en R Markdown Cookbook.